CHUẨN HÓA HỒ SƠ HẢI QUAN: BƯỚC ĐỆM CHO CHUYỂN ĐỔI SỐ TOÀN DIỆN
Thông tư số 121/2025/TT-BTC chính thức tạo ra cuộc cách mạng về hồ sơ hải quan khi liên thông dữ liệu điện tử, siết chặt chứng từ chứng minh quyền kinh doanh của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) và chuẩn hóa các trường thông tin vận tải. Đặc biệt, việc luật hóa tiêu chuẩn lưu trữ thông điệp dữ liệu theo Luật Giao dịch điện tử 2023 tại khâu hậu kiểm buộc doanh nghiệp phải thay đổi toàn diện tư duy quản trị hồ sơ số để đảm bảo tính tuân thủ pháp lý.
Tích hợp dữ liệu hóa đơn điện tử và chuẩn hóa chứng từ vận tải
Việc ban hành Thông tư số 121/2025/TT-BTC vào ngày 18/12/2025 được giới chuyên môn đánh giá là một cột mốc mang tính bước ngoặt, đánh dấu sự chuyển dịch về chất trong tư duy quản trị rủi ro của cơ quan quản lý. Thay vì những điều chỉnh kỹ thuật đơn thuần, văn bản này đã luật hóa lộ trình nâng cấp từ mô hình quản lý dựa trên hồ sơ giấy sang một hệ sinh thái dữ liệu số tập trung, nơi dữ liệu điện tử trở thành trục lõi của mọi quy trình nghiệp vụ.
Bằng cách tái cấu trúc toàn diện Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC, Bộ Tài chính không chỉ đồng bộ thủ tục hải quan với các chuẩn mực mới của Luật Giao dịch điện tử mà còn thiết lập một cơ chế kiểm chứng nghiêm ngặt đối với tư cách pháp lý của khối doanh nghiệp FDI và thương nhân nước ngoài. Đây chính là lời giải chiến lược cho bài toán cân bằng giữa việc khơi thông dòng chảy thương mại tự do và thắt chặt hiệu quả giám sát nhà nước trong kỷ nguyên kinh tế số.
Đồng bộ thủ tục hải quan với các chuẩn mực mới của Luật Giao dịch điện tử .
Sự thay đổi trọng tâm trong hồ sơ hải quan lần này bắt đầu từ việc tái định nghĩa phương thức tiếp nhận chứng từ thông qua cơ chế liên thông dữ liệu mạnh mẽ giữa các cơ quan quản lý. Điển hình nhất là đối với hồ sơ hàng hóa xuất khẩu, doanh nghiệp hiện nay được miễn nộp hóa đơn thương mại nếu chứng từ này đã được phát hành dưới dạng điện tử theo quy định tại điểm 2a Điều 8 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định số 70/2025/NĐ-CP) trước thời điểm khai báo hải quan.
Việc dẫn chiếu trực tiếp đến các quy định về hóa đơn điện tử cho thấy sự nhất quán trong quản lý nhà nước. Khi dữ liệu đã tồn tại trên hệ thống của cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan sẽ thực hiện đối soát trực tiếp thay vì yêu cầu doanh nghiệp trình báo lại bản giấy hay bản quét thủ công.
Theo đại diện Ban Giám sát quản lý về hải quan, điều này không chỉ giảm bớt gánh nặng hành chính, tiết kiệm chi phí in ấn mà còn triệt tiêu rủi ro sai lệch dữ liệu giữa hồ sơ thuế và hồ sơ hải quan – vốn là nguyên nhân phổ biến dẫn đến các cuộc tranh chấp pháp lý và xử phạt vi phạm hành chính trong quá khứ.
Song song với việc tinh giản chứng từ đầu ra, Thông tư số 121/2025/TT-BTC đã thiết lập các tiêu chuẩn dữ liệu khắt khe hơn đối với vận đơn hoặc chứng từ vận tải tương đương cho hàng hóa nhập khẩu. Quy định mới yêu cầu vận đơn phải thể hiện chi tiết và chính xác các trường thông tin cốt lõi bao gồm: danh tính và địa chỉ của người gửi hàng, người nhận hàng; các đặc tính kỹ thuật của lô hàng (tên hàng, số lượng, trọng lượng); cùng lộ trình vận chuyển cụ thể (địa điểm xếp/dỡ hàng, số hiệu phương tiện và thời gian phát hành).
Từ việc chuẩn hóa các thuộc tính thông tin này đóng vai trò là một “màng lọc” rủi ro ngay từ cửa ngõ biên giới, buộc các đơn vị vận tải và doanh nghiệp phải nâng cao trách nhiệm trong việc hoàn thiện chứng từ gốc. Đối với các hình thức vận tải đa phương thức, đường biển hay hàng không, các dữ liệu này chính là cơ sở pháp lý để cơ quan hải quan thực hiện phân tích rủi ro trọng điểm, giúp rút ngắn thời gian thông quan cho các doanh nghiệp minh bạch.
Một điểm lưu ý quan trọng khác là sự thay đổi cách thức quản lý đối với mặt hàng lâm sản. Thông tư số 121/2025/TT-BTC đã lược bỏ việc liệt kê “Bảng kê lâm sản” như một danh mục độc lập tại Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Tuy nhiên, sự thay đổi này thực chất là việc quy hoạch chứng từ vào nhóm “Giấy thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành hoặc chứng từ khác theo quy định của pháp luật”.
Cách tiếp cận này giúp hệ thống văn bản linh hoạt hơn, tránh việc phải liệt kê thủ công từng loại giấy phép vốn thuộc thẩm quyền của các bộ quản lý chuyên ngành khác. Đáng chú ý, quy định mới đòi hỏi người khai hải quan phải có cái nhìn tổng thể về nghĩa vụ chứng từ chuyên biệt, đảm bảo các yêu cầu về lâm sản vẫn phải được tuân thủ nghiêm ngặt theo pháp luật chuyên ngành để tránh tình trạng hàng hóa bị đình trệ tại cửa khẩu.
Quản trị và xác lập kỷ luật lưu trữ thông điệp dữ liệu
Đi sâu vào khía cạnh quản trị thực thể, Thông tư số 121/2025/TT-BTC đã bổ sung các quy định mang tính then chốt đối với thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và doanh nghiệp FDI. Theo đó, việc cung cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền xuất nhập khẩu do Bộ Công Thương cấp hoặc Giấy chứng nhận đầu tư có đăng ký hoạt động mua bán hàng hóa trở thành yêu cầu bắt buộc trong hồ sơ hải quan tại Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Quy định này giải quyết triệt để tình trạng một số thực thể kinh doanh thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa vượt quá phạm vi được cấp phép đầu tư.
Nhằm hài hòa giữa mục tiêu kiểm soát và tạo thuận lợi thương mại, cơ quan Hải quan áp dụng cơ chế nộp chứng từ lần đầu. Người khai hải quan chỉ phải nộp các giấy tờ pháp lý này một lần duy nhất tại cùng một cơ quan Hải quan. Ở những lần khai báo kế tiếp, doanh nghiệp chỉ cần dẫn chiếu thông qua ô “Số giấy phép” trên tờ khai điện tử. Cơ chế này vừa đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật về đầu tư, vừa giúp doanh nghiệp FDI tối ưu hóa quy trình vận hành và giảm thiểu áp lực chuẩn bị hồ sơ cho từng lô hàng lẻ.
Đặc biệt, nội dung mang tính chất định hình tương lai của quản trị hải quan chính là chế định về lưu giữ hồ sơ điện tử dựa trên Luật Giao dịch điện tử số 20/2023/QH15. Thông tư số 121/2025/TT-BTC chính thức khẳng định hồ sơ hải quan dưới dạng thông điệp dữ liệu có giá trị pháp lý tương đương văn bản giấy, nhưng phải đáp ứng ba điều kiện cốt lõi quy định tại Điều 13 Luật Giao dịch điện tử: Thông tin có thể truy cập để tham chiếu; lưu đúng khuôn dạng khởi tạo hoặc khuôn dạng cho phép thể hiện chính xác thông tin; và cho phép xác định nguồn gốc, người gửi, người nhận, thời gian gửi/nhận.
Trong bối cảnh công tác hậu kiểm ngày càng được thắt chặt, việc tuân thủ kỷ luật lưu trữ thông điệp dữ liệu chính là tấm lá chắn pháp lý quan trọng nhất. Một sai sót nhỏ trong việc bảo quản khuôn dạng file hóa đơn hay vận đơn điện tử có thể dẫn đến việc cơ quan Hải quan bác bỏ tính hợp pháp của toàn bộ hồ sơ trong vòng 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai.
Do đó, doanh nghiệp cần đầu tư vào hạ tầng công nghệ thông tin và quy trình kiểm soát nội bộ để đảm bảo dữ liệu không bị thay đổi trái phép. Việc luật hóa quy định lưu trữ không chỉ giúp cơ quan quản lý dễ dàng thanh tra mà còn giúp doanh nghiệp tự bảo vệ mình bằng những bằng chứng số hóa không thể chối cãi, từ đó xây dựng uy tín “doanh nghiệp ưu tiên” trong mắt cơ quan quản lý.
